Neve a XV. században jelenik meg első alkalommal írott formában, halászati tevékenységek leírása kapcsán. A falu nagyon sokszor és sokat szenved a Zuiderzee áradásai miatt, ezért több gát is épül a falu megvédésére.
Spakenburg mai ismertsége az itt gyártott halászhajónak („botter”) köszönhető, a szinte teljesen felújított gyár napjainkban működő múzeumként mutatja be a korabeli hajóépítés és javítás mesterségét. A hajóflotta gyors növekedése miatt 1866-ban új kikötő építése vált szükségessé, 1892-ben már több mint 200 ilyen hajó működött a környéken és még ma is kb. 30 látható a kikötőkben, persze már nem működnek, csak turisztikai látványosság.
A Zuiderzee 1932-ben történt lezárását követően a halászat jelentősége rohamosan csökken, csak a II. Világháború után erősödik ismét, de az 1970-es évektől napjainkra gyakorlatilag teljesen megszűnt. Az utolsó, még működő halász 2008 nyarán vonult vissza.
Spakenburg azon utolsó helyek egyike Hollandiában, ahol a nők még mindig a helyi, hagyományos (nép)viseletet hordják.
Annak ellenére, hogy a halászat elvesztette jelentőségét a területen, a fellendülő halkereskedelem miatt a XX. század elején a falu lakossága gyorsan nő, 1965-ben egyesül déli szomszédjával Bunschoten-nel, így ma a hivatalos elnevezése Spakenburg-Bunschoten.